SMA Negeri 39 Jakarta berdiri pada tahun 1974, dengan nama SMA 14 Filial (filial SMA Negeri 14 Jakarta). Awalnya adalah sekolah yang diperuntukkan bagi anak-anak kolong (sebutan untuk anak-anak yang ayahnya adalah tentara), namun seiring perubahan zaman dan pertambahan penduduk, pada tahun 1979 berubah menjadi SMA 39 Negeri Cijantung. SMAN 39 Jakarta tidak hanya menerima anak-anak tentara lagi, tapi juga semua warga sekitar dan bahkan diluar kecamatan wilayah Pasar Rebo.
Saat ini SMAN 39 Jakarta telah menjadi salah satu sekolah favorit di Jakarta. dengan semua fasilitas yang lengkap dan tenaga pengajar yang kompeten, wajar jika kemudian proses seleksi masuk menjadi bertambah sulit. Namun demikian, perlu dikembalikan ke latar belakang berdirinya, sekolah adalah untuk mendidik dan memberikan pelajaran dan pengetahuan untuk mereka yang kurang terdidik, kurang pengetahuan dan seterusnya, bukan untuk mereka yang cukup terdidik, cukup terpelajar dan cukup pengetahuan. Lebih berasa jika anda berhasil merubah seseorang atau sekelompok orang yang "kurang" tadi menjadi orang yang hebat daripada orang yang ‘cukup’ menjadi hebat.
Nahhh berikut ini ádalah cerita unik dari SMAN 39 baru-baru ini. Ada-ada saja polah pihak sekolah dalam menyambut kunjungan Gubernur DKI Jakarta Fauzi Bowo saat meninjau ujian nasional. Seperti SMAN 39 di Cijantung yang sibuk mencari karpet. Dalam pantauan, salah seorang guru tergesa-gesa keluar dari ruangan kelas dan langsung menaiki motor. Mau kemana Pak? "Mau cari karpet," jawab pria dengan seragam guru meninggalkan SMAN 39 di Cijantung. Rencananya, Gubernur Fauzi Bowo akan meninjau ujian nasional ke sekolah ini pada pukul 09.30 WIB, namun dipercepat dari jadwal semula pukul 10.00 WIB. Kontan saja pihak sekolah sibuk melakukan penyambutan. Selain itu, jalan menuju sekolah telah dijaga ketat oleh puluhan satpol PP dan wartawan ataupun tamu juga tidak diperbolehkan masuk ke dalam sekolah. Karena "sedang ada ujian" ucap salah seorang satpam. Dan otomatis bapak yg naik motor tadi balik lagi.. sangking paniknya tuhh. Satu lagi yang ga kalah bangganya yaitu sekolah ini pernah di datangi oleh Ibu Negara Republik Indonesia yaitu Hj.Anni Yudoyono pada acra yang bertajuk gebyar SMA 39 ucap bapak Budi selaku urusan kesiswaan di sekolah tersebut. Dilain hal menurut beliau Sekolah yang sekarang banyak menggemari bidang POPSMA (olah raga) ini sudah menjuari di berbagai jenis olah raga. Prestasi yang baru-baru ini di dapat oleh SMA 39 adalah juara Hoki sejawabarat, dan Hoki ini semakin menanjak peminatnya di SMA 39 beberapa semester ini. Bahkan dalam bidang akademik SMAN 39 tanggal 16 Mei 2009 lalu menjadi juara III untuk lomba NetKuis SeJabodetabek dan Karawang dan sudah menjadi yang terbaik diantara sekolah setingkatnya di Jakarta Timur, bisa dibilang tingkat 5 se DKI Jakarta. Hmm,, sukses yahhh buat SMAN 39. see you (jaka)foto-jk
